Lazio

Bakat Nesta pertama kali dikesan oleh Francesco Rocca, seorang pencari bakat dari kelab Roma. Akan tetapi, bapa Nesta yang merupakan peminat Lazio telah menolak tawaran tersebut.[10] Nesta memulakan kerjaya remajanya bersama Lazio pada 1985 dengan beraksi di pelbagai posisi termasuklah penyerang dan pemain tengah sebelum beliau diletakkan di posisi pertahanan. Ketika musim 1993–94, beliau telah dipanggil ke skuad utama dan melakukan penampilan pertamanya pada 13 Mac 1994 dalam aksi menentang Udinese. Nesta beraksi sebagai pemain gantian dengan menggantikan Pierluigi Casiraghi pada minit ke-78 permainan.[11]

Nesta terpilih sebagai kapten pasukan pada tahun 1997 semasa di bawah kendalian Sven-Göran Eriksson. Beliau membantu pasukannya menjuarai Coppa Italia 1998 dengan menewaskan AC Milan, yang mana beliau menghasilkan jaringan kemenangan pasukan. Beliau juga tampil dalam aksi final Piala UEFA pada musim yang sama tetapi pasukannya akur akan kekalahan kepada Internazionale. Nesta telah merangkul Anugerah Pemain Muda Terbaik Serie A dalam acara anugerah bola sepak Itali hasil prestasi cemerlangnya sepanjang musim.

Pada tahun berikutnya, beliau terpaksa berehat selama hampir separuh musim kerana mengalami kecederaan ligamen daripada aksi Piala Dunia 1998. Beliau kembali tampil di atas padang pada bulan Disember. Sebagai kapten, beliau mengetuai Lazio dalam perlumbaan merebut takhta liga tetapi mereka dibezakan dengan satu mata pada hari terakhir musim. Walau bagaimanapun, pasukannya menjuarai dua trofi di peringkat antarabangsa iaitu Piala Juara-Juara UEFA dengan menewaskan Mallorca dan pada bulan Ogos berikutnya, Lazio meraih Piala Super UEFA dengan menewaskan Manchester United.[12]

Pada musim 1999–2000, beliau mengetuai Lazio meraih kejuaraan Scudetto dan Coppa Italia sekali gus melengkapkan double. Pada musim berikutnya, dengan bimbingan pengurus Dino Zoff, Lazio menjuarai Supercoppa Italiana dan menghuni tangga ketiga liga. Prestasi baik Nesta serta kejayaan yang dikecapi oleh pasukannya telah melayakkan beliau meraih tiga Anugerah Pertahanan Terbaik Serie A berturut-turut antara tahun 2000 dan 2002.[13][14] Kemudian, kemelut masalah kewangan yang dihadapi oleh pihak pengurusan kelab telah memaksa presiden kelab, Sergio Cragnotti menjual Nesta ke Milan pada 2002. Nesta meninggalkan Lazio.[15]

AC Milan

Sebaik sebelum kempen musim 2002-03, keadaan masalah kewangan telah memaksa Lazio untuk menjual ramai pemain terbaik mereka termasuklah Nesta yang berpindah ke Milan melalui perpindahan yang bernilai €30,987,000 (60 bilion lira).[16] Pada masa itu, beliau membentuk barisan pertahanan kukuh bersama Paolo Maldini, Cafu, Alessandro Costacurta, Jaap Stam dan lain-lain. Dua musim pertama Nesta di Rossoneri sangat cemerlang. Pada musim sulungnya, beliau menjuarai Liga Juara-Juara buat kali pertama dalam kariernya apabila Milan menewaskan pesaing Juventus di Old Trafford dalam aksi pertembungan kelab-kelab Itali buat kali pertama dalam sejarah. Nesta berjaya memastikan gawang pasukannya tidak dibolosi sepanjang permainan dan menyudahkan tendangan penalti dalam aksi penentuan penalti selepas masa tambahan. Selain itu, Nesta turut merangkul trofi Copppa Italia selepas pasukannya mengecewakan Roma[17] manakala dalam saingan liga, Milan menghuni tangga ketiga liga. Nesta sekali lagi meraih Pertahanan Terbaik Serie A berikutan prestasinya dan terpilih ke dalam Pasukan Terbaik UEFA.[14][18]

Pada musim berikutnya, Milan tewas dalam kejuaraan Supercoppa Italiana kepada Juventus dan Piala Antara Benua kepada Boca Juniors menerusi penentuan penalti. Walau bagaimanapun, Nesta berhasil menjuarai Piala Super Eropah bersama Milan apabila mereka menewaskan Porto di samping merebut kejuaraan Scudetto kedua dalam kariernya ada musim yang sama. Dalam aksi Liga Juara-Juara, Milan sekadar layak ke peringkat suku akhir manakala Coppa Italia pula di peringkat separuh akhir. Pada hujung musim, Nesta sekali lagi terpilih ke dalam Pasukan Terbaik UEFA buat kali ketiga berturut-turut.[19]

Nesta memulakan musim berikutnya dengan menewaskan pasukan lamanya, Lazio untuk merebut kejuaraan Supercoppa Italiana 2004. Milan turut melangkah ke aksi final Liga Juara-Juara tetapi kalah kepada Liverpool menerusi penentuan penalti. Dalam aksi liga, Milan menamatkan saingan di belakang pendahulu Juventus. Walaupun menamatkan kempen sebagai naib juara di aksi liga dan Liga Juara-Juara, Nesta telah terpilih ke dalam FIFPro World XI buat kali pertama dalam karier beliau.[20][21]

Semasa musim 2005-06, Milan sekali lagi menamatkan kempen sebagai naib juara di belakang pendahulu Juventus di Serie A. Namun begitu, kedua-dua pasukan tersebut ditolak mata berikutan penglibatan dalam skandal pengaturan perlawanan 2006 sementara gelaran juara liga diserahkan kepada Inter Milan. Juventus tersingkir ke divisyen kedua manakala Milan menduduki tangga ketiga liga selepas penolakan mata. Milan turut mara ke peringkat separuh akhir Liga Juara-Juara pada 2006 sebelum tewas kepada bakal juara, Barcelona.

Walaupun Nesta terlepas banyak aksi semasa musim 2006-07 akibat kecederaan bahu, beliau telah memainkan peranan penting bagi Milan untuk menjulang kembali trofi Liga Juara-Juara apabila pasukannya membalas dendam atas kekalahan 2005 dengan menumbangkan Liverpool 2-1 di Athens. Meskipun mata Milan ditolak pada musim itu, Nesta yang pulih dari kecederaan membantu Milan menamatkan saingan liga tangga keempat sekali gus menempah tiket ke Liga Juara-Juara musim depan. Nesta juga tampil dalam Pasukan Terbaik UEFA dan FIFPro World XI pada musim itu.

Nesta meraih pencapaian Piala Super Eropah ketiga dalam kariernya pada bulan Ogos 2007 apabila Milan mengetepikan cabaran Sevilla 3–1. Nesta kemudian melanjutkan kontraknya sehingga tahun 2011.[22] Nesta berupaya menjaringkan gol sulungnya untuk Milan sejak April 2006 ketika aksi menentang Siena pada 15 September 2007. Beliau terus melakarkan jaringan penting buat Milan dalam aksi final Piala Dunia Kelab menewaskan Boca Juniors 4-2.[23] Walau bagaimanapun, Milan terus berdepan kekecewaan sepanjang musim apabila hanya menghuni tangga kelima Serie A dan tersingkir daripada pusingan ke-16 Liga Juara-Juara dan Coppa Italia.

Kondisi kecederaan yang serius memaksa Nesta untuk melupakan penampilannya di seluruh musim 2008-09 sekali gus menimbulkan keresahan akan peluangnya untuk aktif kembali dalam bola sepak.[24] Beliau pulih sepenuhnya dari kecederaan dan tampil dalam aksi liga menentang Fiorentina pada 31 Mei 2009 dan ia menandakan penampilan pertama beliau pada musim itu. Milan berjaya menamatkan kempen di tangga ketiga liga.

Pada musim selanjutnya, Nesta menjaringkan dua gol pertamanya untuk Milan ketika pasukanya menewaskan Chievo di Serie A. Beliau mula muncul kembali dalam kesebalasan utama dan menjadi salah seorang pemain Milan paling konsisten sepanjang musim 2009-10 semasa di bawah kendalian pengurus Leonardo. Nesta meneruskan prestasinya apabila beliau membentuk duo pertahanan mantap bersama Thiago Silva pada musim 2010-11 di bawah bimbingan Massimiliano Allegri. Duo pertahanan ini hanya bolos 24 jaringan gol dalam 38 perlawanan dalam kejayaan kempen Scudetto musim itu. Milan juga mara ke aksi separuh akhir Coppa Italia manakala mereka sekadar hampa di saingan Liga Juara-Juara apabila tersingkir di pusingan 16. Musim itu juga bertiup spekulasi bahawa Nesta akan mengumumkan persaraan pada penghujung musim. Akan tetapi, beliau mengesahkan bahawa akan kekal selama satu musim lagi di Milan sebelum bersara. Dengan itu, beliau melanjutkan kontraknya selama setahun pada 18 Mei 2011 di mana beliau kekal bersama Rossoneri sehingga musim panas 2012.[25][26] Nesta juga terpilih dalam Pasukan Terbaik Serie A berikutan prestasinya yang membantu Milan meraih kejuaraan liga.

Nesta memulakan musim terakhirnya di Milan dengan menjuarai Supercoppa Italiana 2011 pada 6 Ogos 2011 dengan menumpaskan musuh tradisi, Inter Milan 2–1 di Beijing. Milan menamatkan kempen liga di belakang pendahulu Juventus dan mara ke peringkat suku akhir Liga Juara-Juara. Pada 10 Mei, Nesta mengumumkan bahawa beliau akan bersara dari Serie A pada penghujung musim dalam satu sidang pertemuan. Sepanjang sepuluh musim di Milan, Nesta beraksi dalam 325 perlawanan dan menjaringkan sepuluh gol. Di Milan, beliau berjaya mencapai dua gelaran Serie A, satu trofi Coppa Italia, dua kejuaraan Supercoppa Italiana, dua trofi Liga Juara-Juara Eropah, dua trofi Piala Super Eropah serta satu trofi Piala Dunia Kelab.

Montreal Impact

Pada 5 Julai 2012, Nesta menandatangani kontrak baru bersama pasukan Major League Soccer, Montreal Impact. Beliau menandatangani kontrak selama 18 bulan dalam perpindahan percuma. Beliau melakukan penampilan sulungnya dalam aksi persahabatan menentang Lyon pada 24 Julai. Beliau seterusnya melakukan penampilan kompetitif pertama pada tiga hari kemudian dalam aksi kemenangan 3-1 ke atas New York Red Bulls. Pada 2013, Nesta meraih satu-satunya gelaran bersama Montreal Impact iaitu Kejuaraan Kanada.

Pada 20 Oktober 2013, Nesta mengumumkan bahawa beliau akan bersara selepas tamatnya playoff Piala MLS 2013 selepas menghabiskan dua musim di Montreal.[27]

Chennaiyin

Pada 28 November 2014, Nesta telah menyertai kelab Liga Super India, Chennaiyin FC untuk saki-baki musim 2014. Beliau telah dibawa masuk oleh bekas rakan sepasukannya di Itali, Marco Materazzi.[28] Beliau melakukan aksi pertamanya dalam perlawanan seri 2-2 menentang Delhi Dynamos. Beliau berpasangan dengan Mikaël Silvestre di bahagian pertahanan dalam aksi terakhir musim.[29]